中国科学院深海科学与工程研究所（英文名：Institute of Deep-sea Science and Engineering，Chinese Academy of Sciences；缩写：IDSSE，CAS），位于中国海南省三亚市鹿回头半岛，是中国科学院2011年启动筹建，2016年5月正式成立，直属中国科学院的科研事业单位。

     研究所定位

     在我国最为临近深海的省份建立完备的国立深海研发基地，成为国家深海研发试验的共享开放平台，填补我国深海战略上的地域空白。
以深海、科学与工程技术的结合、共享与开发平台为基点，构筑科学研究-工程技术-深海作业融合性体系，强化中科院在我国深海事业中的战略性地位。
通过牵头组织重大项目，挖掘和促进我院目前非涉海科研团队在海洋科学和工程方面的研发资源和潜力，形成科学院综合优势，增强我院在国家深海战略中的集团性力量，引领我国深海科学、深海技术、资源开发利用和产业化发展。

    研发体系

     重点建设深海科学研究部、深海工程技术部和海洋装备与运行管理中心三个主要业务单元。其中：深海科学研究部下设深海生物学研究室、深海地质与地球化学研究室、深海地球物理与资源研究室、海洋环流观测与数值模拟研究室、深海极端环境模拟研究实验室、地外海洋系统研究室和分析测试中心7个基本研究单元；深海工程技术部下设深海探测技术研究室、深海信息技术研究室、深海资源开发研究室、深潜技术研究室和工程实验室5个基本研究单元。